مهم ترین مرکز آموزش عالی در سطح شهر ، دانشگاه آزاد اسلامی واحد سلماس می‌باشد. این دانشگاه در سال 1379 و با پذیرش حدود 230 دانشجو در هفت رشته شروع بکار کرد و اکنون بعد از گذشت ده سال با بیش 2500 دانشجو به یکی از مهم ترین مراکز آموزشی شمال استان تبدیل شده‌است. مرکز آموزش نیروی انسانی و تربیت معلم امام خمینی سلماس نیز از دیگر مراکز آموزش عالی سلماس محسوب می‌شود . علاوه بر دانشگاه آزاد و مرکز تربیت معلم دو دانشگاه دیگر نیز در سطح شهر سلماس در سالهای اخیر تاسیس شده‌اند که عبارتند از : دانشگاه پیام نور سلماس و دانشگاه غیر انتفاعی معراج.